Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms