Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms