Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL8A1P27658 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms