Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
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