Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP4Q13107 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP4Q13107 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP4Q13107 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
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USP4Q13107 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
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USP4Q13107 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
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