Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms