Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
NPHP3Q7Z494 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms