Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS53Q5VIR6 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms