Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms