Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP4AQ9BY43 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms