Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms