Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL4A3Q01955 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms