Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms