Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC43Q96MW1 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC43Q96MW1 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms