Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms