Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SYNE3Q6ZMZ3 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms