Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
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