Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms