Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP4O75161 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP4O75161 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms