Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS28Q9UK41 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms