Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A3Q14050 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A3Q14050 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A3Q14050 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
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