Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIG1P18858 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIG1P18858 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms