Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP53Q70EK8 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP53Q70EK8 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms