Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LDLRP01130 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LDLRP01130 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LDLRP01130 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LDLRP01130 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDLRP01130 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDLRP01130 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDLRP01130 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LDLRP01130 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LDLRP01130 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDLRP01130 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDLRP01130 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDLRP01130 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDLRP01130 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDLRP01130 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDLRP01130 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDLRP01130 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDLRP01130 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDLRP01130 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDLRP01130 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDLRP01130 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDLRP01130 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDLRP01130 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDLRP01130 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDLRP01130 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDLRP01130 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDLRP01130 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
LDLRP01130 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LDLRP01130 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDLRP01130 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDLRP01130 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDLRP01130 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LDLRP01130 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LDLRP01130 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LDLRP01130 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LDLRP01130 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LDLRP01130 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDLRP01130 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDLRP01130 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDLRP01130 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDLRP01130 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDLRP01130 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDLRP01130 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDLRP01130 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDLRP01130 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LDLRP01130 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDLRP01130 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDLRP01130 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDLRP01130 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDLRP01130 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDLRP01130 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LDLRP01130 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDLRP01130 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDLRP01130 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDLRP01130 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDLRP01130 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDLRP01130 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LDLRP01130 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LDLRP01130 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LDLRP01130 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDLRP01130 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDLRP01130 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDLRP01130 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDLRP01130 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDLRP01130 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDLRP01130 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDLRP01130 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDLRP01130 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDLRP01130 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms