Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
NKX2-6A6NCS4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
NKX2-6A6NCS4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NKX2-6A6NCS4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms