Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.2 ms