Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms