Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMARCB1Q12824 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms