Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms