Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A3P25940 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms