Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms