Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP54Q70EL1 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms