Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM28Q13263 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms