Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms