Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC61Q9Y6R9 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC61Q9Y6R9 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms