Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.3 ms