Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms