Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms