Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms