Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms