Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms