Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms