Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCOF1Q13428 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms