Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIG1P18858 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIG1P18858 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms