Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms