Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL18A1P39060 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms