Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms