Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
ATG4BQ9Y4P1 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms