Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC112Q8NEF3 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC112Q8NEF3 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC112Q8NEF3 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms