Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms